始祖鸟大小如乌鸦。它保留了爬行类的许多特征,例如嘴里有牙齿,而不是形成现代鸟类那样的角质喙;有一条由21节尾椎组成的长尾巴;前肢三块掌骨彼此分离,没有愈合成腕掌骨,指端有爪;骨骼内部还没有气窝等。另一方面,它已经具有羽毛,而且已经有了初级飞羽、次级飞羽、尾羽以及复羽的分化,这都是鸟类的特征。此外,它在一些骨骼形态上也表现出其它的一些鸟类特征或过渡特征,如它的第三掌骨已经与腕骨愈合,但第二和第一掌骨则尚未愈合,因此一些科学家认为这正反映了鸟类掌骨都愈合成腕掌骨的开始。正是因为鸟类特征是在爬行类的特征基础之上进化、发展起来的,故有人将鸟类戏称是“美化了的爬行动物”。
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