蝼蛄虾洞呈Y型,上半部呈U型并有数个回转室,洞穴最深约100厘米,有两个开口,一为入水口,口径较大且平坦呈现凹陷状,另一为出水口,出水口成小火山口状,口径较小,且蝼蛄虾的洞穴内壁平滑且比一般沙层紧密。
回转室的作用因洞穴的宽度一般都较虾体稍窄,蝼蛄虾以发达的腹肢摆动而有效的制造水流,活水的流动除能帮助蝼蛄虾在深洞内呼吸,也是蝼蛄虾主要赖以摄食的方法。
蝼蛄虾于半沙半泥之海滩挖深洞而栖,游泳能力非常弱,它们长期躲在泥沙中,受到周围泥沙的保护,水流太强或流动的泥沙,都不是它们能适应的环境,终年蛰居于泥沙洞中。
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