明孝陵博物馆是明孝陵景区的其中一部分，是两个不一样的景点。
1、地理位置不同：
明孝陵博物馆位于明孝陵大金门侧，地址是玄武区四方城1号；
明孝陵是明朝开国皇帝朱元璋和皇后马氏的合葬陵墓，地址是玄武区石象路7号。
2、属性不同：
明孝陵博物馆是明太祖朱元璋、世界文化遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆。通过主题展览《大明孝陵》等，述说传奇皇帝朱元璋生平，揭示“明清皇家第一陵”神秘内幕，反映明代历史文化特色。
而明孝陵是明朝开国皇帝朱元璋和皇后马氏的合葬陵墓，是中国古代最大的帝王陵寝之一。今天的明孝陵景区以明孝陵陵宫区为主，包括大金门、四方城、神道等附属设施，以及周边的下马坊、梅花谷、梅花山、明东陵、紫霞湖等。
